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年末調整時までに、従業員個人ごとに支給した給与の総額を計算。

求めた給与の金額から、給与所得控除後の給与金額を求める。

「給与所得者の保険料控除申告書」に基づき、各種保険料控除額（従業員が独自に加入している生命保険や年金保険の控除額など）を計算。

「扶養控除等申告書」に基づき、扶養控除等の控除額を計算。

「給与所得者の配偶者特別控除申告書」に基づき、配偶者特別控除額を計算。

ステップ2で求めた給与所得控除後の給与の金額から、ステップ3で求めた各種保険料控除額とステップ4で求めた扶養控除等の控除額、ステップ5で求めた配偶者特別控除額を控除。課税給与所得金額を求める。

ステップ6で求めた課税給与所得金額を「年末調整のための所得税額の速算表」に当てはめ「算出年税額」を求める。
住宅借入金等特別控除の適用を受ける場合は、求めた算出年税額から住宅借入金等特別控除額を控除し、「年調年税額」を求める。
住宅借入金等特別控除額がない場合は、算出年税額が年調年税額になる。
※年調年税額は、100円未満を切捨て。

ステップ7で求めた年調年税額と、給料や賞与から控除した源泉所得税の合計額を比べ、過不足額の精算。源泉所得税の合計額が年調年税額より多ければ、差額は還付され、少なければ不足額が徴収される。